Bioinformatics Workshop: Bacterial Species Identification

Instructional Team

Prasit Palittapongarnpim

CENMIG, Department of Microbiology, Faculty of Science, Mahidol University

Bangkok, Thailand

Prof. Prasit Palittapongarnpim received his M.D. with First Class Honors from Mahidol University, a Certificate of Proficiency in Pediatrics from Chiang Mai University, Thailand, and postdoctoral training at the University of Alberta, Canada. He also earned B.Sc. degrees in both Medical Sciences and Mathematics. His main scientific interests are in the molecular biology and genomics of Mycobacterium tuberculosis as well as antimicrobial resistance (AMR). He founded and leads the Pornchai Matangkasombut Center for Microbial Genomics at Mahidol University. He has regularly published research on tuberculosis genomics and AMR and was recognized as a top 1% researcher at Mahidol University in both 2022 and 2023.

He has also worked on antituberculous drug discovery and has been involved in several networks related to emerging disease preparedness and research integrity. Dr. Prasit serves as an editorial board member and reviewer for several journals and funding agencies both in Thailand and internationally. He has also served multiple times as a temporary advisor to the World Health Organization (WHO). To date, he has published more than 120 papers, mostly on tuberculosis, and has held various administrative positions in Thailand. He currently serves as a university council member and a steering committee member for several institutes.

Bharkbhoom Jaemsai

CENMIG, Department of Microbiology, Faculty of Science, Mahidol University

Bangkok, Thailand

Dr. Bharkbhoom Jaemsai is a researcher at CENMIG, Department of Microbiology, Faculty of Science, Mahidol University.
His primary research focuses on the genomics and evolutionary history of human pathogens, with a special emphasis on Mycobacterium tuberculosis. He is also exploring how bioinformatics can be applied to advance genomic research in fungal pathogens.

Worakorn Phumiphanjarphak

CENMIG, Department of Microbiology, Faculty of Science, Mahidol University

Bangkok, Thailand

Having received his Ph.D. in 2024, Dr. Worakorn Phumiphanjarphak is currently a lecturer at the Department of Microbiology, Mahidol University.
His research heavily features microbial genomics and virus discovery. He has created an end-to-end pipeline for virus sequence identification called Entourage, and is highly experienced in microbial sequence analysis, profiling diverse microbial communities, and sequence variation analysis.

Nattapong Sanguankiattichai

CENMIG, Department of Microbiology, Faculty of Science, Mahidol University

Bangkok, Thailand

Dr. Nattapong Sanguankiattichai is a lecturer at the Department of Microbiology, Faculty of Science, Mahidol University.
He earned his DPhil in Interdisciplinary Biosciences from the University of Oxford, where he studied a bacterial virulence factor and its evolution.
His research interests include the molecular mechanisms of host-pathogen interactions and the application of genomics to investigate pathogenic bacteria and antimicrobial resistance.

Wuthiwat Ruangchai

CENMIG, Department of Microbiology, Faculty of Science, Mahidol University

Bangkok, Thailand

Wuthiwat Ruangchai is a researcher based in Bangkok, Thailand, specializing in microbiology, genomics, and bioinformatics.
His professional focus includes:
Genomic Research: His work frequently involves whole-genome sequencing (WGS) and the analysis of bacterial pathogens, with a significant emphasis on Mycobacterium tuberculosis.
Bioinformatics: He utilizes computational tools and data analysis to study genetic diversity, phylogenetic lineages, and the characterization of clinical isolates.

การระบุชนิดแบคทีเรียด้วย 16S rRNA เพียงอย่างเดียวยังเพียงพอสำหรับงานของคุณหรือไม่?

สำหรับงานวิจัยและการวิเคราะห์เชื้อในปัจจุบันการหาลำดับนิวคลีโอไทด์ทั้งจีโนม (Whole Genome Sequencing) ได้กลายเป็นมาตรฐานใหม่ในการระบุชนิดจุลินทรีย์แต่การเลือกใช้เครื่องมือและการแปลผลที่ถูกต้องยังเป็นอุปสรรคสำคัญสำหรับนักวิจัยและนักวิทยาศาสตร์ห้องปฏิบัติการหลายท่าน

ศูนย์จีโนมจุลินทรีย์ “ศาตราจารย์เกียรติคุณ นายแพทย์ พรชัย มาตังคสมบัติ (Pornchai Matangkasombut Center for Microbial Genomics (CENMIG) ร่วมกับ ภาควิชาจุลชีววิทยา
คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล จัดการฝึกอบรมเชิงปฏิบัติการเรื่อง การระบุชนิดของเชื้อจุลินทรีย์ด้วยวิธีการทางชีวสารสนเทศ (
Bioinformatics Workshop: Bacterial Species Identification)

หัวข้อในการฝึกอบรม:
• Linux command-line for genomics
• Short- & long-read sequencing data handling
• Genome assembly & annotation
• Various sequence-based methods for bacterial species identification: 16S rRNA genes, Kraken2, ANI & in silico dDDH
• Phylogenomic & species classification
• Handling unknown isolates & proposing novel species
• Species identification in metagenomics data

การอบรมทุกหัวข้อบรรยายเป็นภาษาไทยในรูปแบบการบรรยายควบคู่กับการฝึกปฏิบัติ พร้อมบริการให้คำปรึกษาหลังการอบรม (Post-workshop Consultative Support) สำหรับผู้เข้าร่วมทุกท่าน

วันที่: 24–26 สิงหาคม 2569

สถานที่: ห้องประชุมสตางค์ มงคลสุข คณะวิทยาศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล(พญาไท)

ค่าลงทะเบียน:
นักศึกษา: 5,000 บาท (Early bird) / 6,000 บาท (ปกติ)
บุคคลทั่วไป: 6,500 บาท (Early bird) / 7,500 บาท (ปกติ)

Early bird: ภายใน 10 กรกฎาคม 2569
ปิดรับสมัครปกติ: 31 กรกฎาคม 2569

การอบรมนี้เหมาะสำหรับนักศึกษาระดับบัณฑิตศึกษา นักวิจัย และนักวิทยาศาสตร์ห้องปฏิบัติการในสาขาจุลชีววิทยาคลินิก วิทยาศาสตร์สิ่งแวดล้อม ความปลอดภัยทางอาหารหรือสาขาอื่นที่ต้องการการระบุชนิดจุลินทรีย์อย่างแม่นยำ

สามารถลงทะเบียนได้ทางสแกน QR Code บนโปสเตอร์ หรือ เข้าผ่านลิงค์ https://forms.gle/YFsfSVaYnnLs1bMt6

ติดต่อสอบถามข้อมูลเพิ่มเติมได้ที่
อีเมล: cenmig.scmi@gmail.com
เบอร์โทรศัพท์: +66 87-358-4255 (K. วิโรจน์)

Schedule for Bioinformatics Workshop: Bacterial Species Identification

*The schedule can be change in the future.

Workshop Location

Organized by

Sponsored by